新生儿甲亢主要分为两种类型，一种是由于母亲有甲亢或桥本病，其体内有引起甲亢的促甲状腺激素受体抗体(TRAb)，在怀孕期间可通过胎盘进入胎儿体内，使新生儿生下来就有甲亢。一般在出生后6～12周可自然减轻或恢复正常，随着体内抗体水平下降而缓解。

还有一种少见的新生儿甲亢是由于促甲状腺激素受体基因突变引起的，结构的变异使受体始终处于被激活状态，造成持续性甲状腺功能亢进及弥漫性甲状腺肿大。其特点：①常有甲亢家族史，而且为常染色体显性遗传;②缺乏甲亢眼征;③促甲状腺激素受体抗体(TRAb)阴性;④大部分开始为甲状腺肿，逐步出现甲亢的其他表现;⑤甲亢不能自行缓解;⑥常有颅骨缝早期融合，前卤突出及智力障碍等后遗症。