初发病时甲状腺囊肿患者无明显的症状，当出现甲状腺肿大一定程度时会出现如疼痛、吞咽困难、呼吸困难、声音沙哑等症状。只能通过精确的检查进行确诊，不过甲状腺囊肿很少会有恶性细胞，经过超声波检查诊断，可准确判定肿块为囊性还是实质性结节，并可区分薄壁还是厚壁囊肿。

超声波检查可见肿块内有液性暗区，可与实质性结节区别。放射性核素显像多为"冷结节"。甲状腺功能检查多在正常范围。甲状腺囊肿多为良性。甲状腺癌伴囊肿者少见，癌性囊肿囊液细胞学检查通常能发现癌细胞。甲状腺囊肿的检查标准有以下几点：

(1)甲状腺囊肿检查经A型超声波或B型超声波检查，除见甲状腺体积增大外，并出现液平波。

(2)甲状腺呈一侧或双侧肿大、确诊为软体结节，压之有囊性感，局部肤色温度正常，无明显压痛。

(3)甲状腺囊肿检查基础代谢、碘131测定及血液甲状腺素测定排除甲亢，单纯性甲状腺肿、甲状腺炎、甲状腺肿瘤。推荐阅读：甲状腺囊肿与甲状腺结节的区别

甲状腺囊肿可以通过症状来判断，甲状腺囊肿患者一般伴有心悸、胸闷、怕热、多汗、手抖、失眠、食欲亢进、消瘦、乏力、腹泻、甲状腺肿大及眼球突出等症状和体征起病较急，甲状腺一侧或双侧肿大而较硬，伴有局部疼痛，并常向耳后，后头顶部放射，全身可有畏寒发热，多见于中年妇女。甲状腺大多呈弥漫性增大;有的可呈结节，无疼痛，一症状无全身症状;个别有一时性甲状腺功能亢进症状，病久者可能有某种甲状腺功能降低症状，如胃纳减少、无力、轻度浮肿等，好发于中年妇女。